studio - r heatmap color




Afficher les valeurs aberrantes R heatmap dans une couleur différente (2)

Si vous voulez voir clairement le 500, vous devez spécifier aucune mise à l'échelle. Par exemple,

m <- matrix(c(1, 5, 1, 2, 4, 500, 4, 3, 5, 2, 2, 4, 5, 3, 2), 
  ncol=5)

heatmap((m<500)+0, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA)

Vous cherchez à marquer les valeurs aberrantes dans la matrice R dans une couleur différente. Dites que j'ai les données comme

1  2  4  2  5
5  4  3  2  3
1 500 5  4  2

Maintenant, je veux marquer le 500 avec une couleur différente et le reste de la matrice avec la couleur par défaut de la carte thermique.

Quelqu'un peut-il me guider à travers le processus?


Voici une solution de contournement décente pour y parvenir. En utilisant heatmap.2() de gplots , vous pouvez spécifier n'importe quelle couleur pour les valeurs NA dans votre heatmap. Ainsi, si vous utilisez une fonction simple pour remplacer les valeurs aberrantes par des NA dans la matrice source, vous pouvez les représenter avec n'importe quelle couleur.

D'abord, choisissez votre condition aberrante. Par exemple, disons simplement que toute valeur supérieure à 10 est une valeur aberrante.

> m
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# [1,]    1    2    4    2    5
# [2,]    5    4    3    2    3
# [3,]    1  500    5    4    2

m[m > 10] <- NA

Maintenant tracer le heatmap.

library(plots)
heatmap.2(m, trace = "none", na.color = "Green")

Outlier est maintenant agréable et évident.







heatmap