r - MacOS त्रुटि पर: वेक्टर मेमोरी समाप्त हो गई(सीमा तक पहुँच गई?)



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मैं एक आर स्क्रिप्ट चलाने की कोशिश कर रहा हूं (विशेष रूप से, मैं बायोकॉन्टर पैकेज, स्लैशशॉट से "गेटलाइनिज" फ़ंक्शन का उपयोग कर रहा हूं।

मैं सोच रहा हूं कि त्रुटि "वेक्टर मेमोरी समाप्त हो गई (सीमा तक पहुंच गई?)" इस फ़ंक्शन का उपयोग करते समय दिखाई दे रहा है, क्योंकि यह इस पैकेज में अन्य कार्यों की तुलना में सबसे मेमोरी-गहन फ़ंक्शन नहीं लगता है (साथ में) डेटा मैं विश्लेषण कर रहा हूँ)।

मैं समझता हूं कि स्टाकेवरफ्लो पर इस तरह के अन्य प्रश्न हैं, लेकिन वे सभी आर -64 के 64-बिट संस्करण पर स्विच करने का सुझाव देते हैं। हालांकि, मैं पहले से ही इस संस्करण का उपयोग कर रहा हूं। ऐसा लगता है कि इस मुद्दे पर अब तक कोई अन्य जवाब नहीं है, मैं सोच रहा था कि क्या किसी को पता चल सकता है?

डेटा केवल ~ 120mb आकार में है, जो कि मेरे कंप्यूटर के 8GB RAM से कम है।


Rstudio का उपयोग करने वालों के लिए, मैंने पाया है कि Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000) , जैसा कि कई पदों पर सुझाया गया है, केवल कमांड लाइन पर काम करता है, और Rstudio का उपयोग करते समय उस पैरामीटर को सेट करने से यह रोकता नहीं है। त्रुटि:

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

कुछ और पढ़ने के बाद, मुझे r.789695.n4.nabble.com/… धागा मिला, जो Rstudio के साथ समस्या को स्पष्ट करता है, और एक समाधान की पहचान करता है, जो नीचे दिखाया गया है:

चरण 1: टर्मिनल खोलें,

चरण 2:

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

चरण 3: निम्नलिखित को पहली पंक्ति के रूप में सहेजें।

R_MAX_VSIZE=100Gb 

नोट: इस सीमा में भौतिक और आभासी दोनों तरह की मेमोरी शामिल हैं; इसलिए _MAX_VSIZE = 16Gb वाली मशीन पर 16Gb भौतिक मेमोरी की सेटिंग इस त्रुटि को रोक नहीं सकती है। आपको अपने मशीन के चश्मे के आधार पर इस पैरामीटर के साथ खेलना पड़ सकता है





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