Добавление уравнения регрессионной линии и R2 на графике




ggplot2 ggpmisc (3)

Вот одно решение

# GET EQUATION AND R-SQUARED AS STRING
# SOURCE: http://goo.gl/K4yh

lm_eqn <- function(df){
    m <- lm(y ~ x, df);
    eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2, 
         list(a = format(coef(m)[1], digits = 2), 
              b = format(coef(m)[2], digits = 2), 
             r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
    as.character(as.expression(eq));                 
}

p1 <- p + geom_text(x = 25, y = 300, label = lm_eqn(df), parse = TRUE)

РЕДАКТИРОВАТЬ. Я понял источник, откуда я выбрал этот код. Вот link на исходное сообщение в группах ggplot2 google

Интересно, как добавить уравнение линии регрессии и R ^ 2 на ggplot . Мой код

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
            geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = y ~ x) +
            geom_point()
p

Любая помощь будет высоко оценена.


Я включил статистику stat_poly_eq() в моем пакете ggpmisc который позволяет этот ответ:

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula, 
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

Эта статистика работает с любым полиномом без отсутствующих терминов и, мы надеемся, обладает достаточной гибкостью, чтобы быть в целом полезной. R ^ 2 или скорректированные метки R ^ 2 могут использоваться с любой модельной формулой, снабженной lm (). Будучи статистикой ggplot, она ведет себя как ожидалось как с группами, так и с фасетками.

Пакет 'ggpmisc' доступен через CRAN.

Версия 0.2.6 была просто принята в CRAN.

Он обращается к комментариям @shabbychef и @ MYaseen208.

@ MYaseen208 показывает, как добавить шляпу .

library(ggplot2)
library(ggpmisc)
df <- data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)
my.formula <- y ~ x
p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
                aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "~~~")), 
                parse = TRUE) +         
   geom_point()
p

@shabbychef Теперь можно сопоставить переменные в уравнении с теми, которые используются для меток оси. Чтобы заменить x с помощью z и y на h, вы должны использовать:

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
   geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
   stat_poly_eq(formula = my.formula,
                eq.with.lhs = "italic(h)~`=`~",
                eq.x.rhs = "~italic(z)",
                aes(label = ..eq.label..), 
                parse = TRUE) + 
   labs(x = expression(italic(z)), y = expression(italic(h))) +          
   geom_point()
p

Будучи этими нормальными R-выражениями, греческие буквы теперь могут также использоваться как в lhs, так и в rhs уравнения.

[2017-03-08] @elarry Изменить, чтобы более точно задать исходный вопрос, показывая, как добавить запятую между метками уравнений и R2.

p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=FALSE, color="black", formula = my.formula) +
  stat_poly_eq(formula = my.formula,
               eq.with.lhs = "italic(hat(y))~`=`~",
               aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "*plain(\",\")~")), 
               parse = TRUE) +         
  geom_point()
p


Я изменил сообщение Рамната на а) сделать более общий, поэтому он принимает линейную модель как параметр, а не кадр данных, и б) более негативно отображает негативы.

lm_eqn = function(m) {

  l <- list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
      b = format(abs(coef(m)[2]), digits = 2),
      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3));

  if (coef(m)[2] >= 0)  {
    eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)
  } else {
    eq <- substitute(italic(y) == a - b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,l)    
  }

  as.character(as.expression(eq));                 
}

Использование изменилось бы до:

p1 = p + geom_text(aes(x = 25, y = 300, label = lm_eqn(lm(y ~ x, df))), parse = TRUE)




ggpmisc