linux - for循环数组 - 循环浏览Bash中的文件内容

@彼得：这可能适合你 -

echo "Start!";for p in $(cat ./pep); do
echo $p
done

这将返回输出 -

Start!
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

选项1a： While循环：一次一行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项1b： While循环：一次一行：
打开文件，从文件描述符中读取（在这种情况下，文件描述符＃4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

选项2： For循环：将文件读入单个变量并解析。
该语法将基于令牌之间的任何空白区域解析“行”。 这仍然有效，因为给定的输入文件行是单个工作记号。 如果每行有多个标记，那么这种方法就不适用。 另外，将完整文件读入单个变量对于大型文件来说并不是一个好策略。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
    echo $line
done

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

1. 如果您没有正确设置IFS ，您将失去缩进。

2. 您应该几乎总是在读取时使用-r选项。

3. 不要用for阅读行

假设你有这个文件：

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素会改变许多Bash解决方案读取的文件输出的含义：

1. 空白行4;
2. 两条线上的前导或尾随空格;
3. 保持个别行的含义（即每行是记录）;
4. 第6行没有以CR结尾。

如果您想逐行输入文本文件（包括没有CR的空白行和终止行），则必须使用while循环，并且必须对最后一行进行备用测试。

以下是可能更改文件的方法（与cat返回值相比）：

1）失去最后一行和前后空格：

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

（如果你这样做while IFS= read -rp; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt而不是保留前导和尾随空格，但仍然丢失最后一行if它不以CR结束）

2）使用cat替换进程会读取整个文件，并丢失单行的含义：

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

（如果你从$(cat /tmp/test.txt)删除了，你可以$(cat /tmp/test.txt)读取文件，而不是一个$(cat /tmp/test.txt)读取文件，也可能不是打算这么做......）

逐行读取文件并保留所有间距的最稳健和最简单的方法是：

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果您想剥离领先和交易空间，请删除IFS=部分：

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

（一个文本文件没有终止\n ，虽然相当普遍，但在POSIX下被认为是坏的，如果你可以指望\n你不需要while循环中使用|| [[ -n $line ]] 。）

更多BASH常见问题

如果您不希望您的阅读被换行符打破，请使用 -

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

然后以文件名作为参数运行脚本。

这并不比其他答案好，但是还有一种方法可以在没有空格的文件中完成工作（请参阅评论）。 我发现我经常需要单行程序来查看文本文件中的列表，而无需使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我把它全部放在一个命令行中。 将“echo $ word”部分更改为任何你想要的，你可以发出多个以分号分隔的命令。 以下示例将该文件的内容用作您可能写入的另外两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像使用流编辑器一样使用它（学习sed），则可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我已经使用过这些，因为我已经使用了每行一个字创建它们的文本文件。 （见注释）如果你有空间不想分裂你的文字/线条，它会变得有点丑陋，但同样的命令仍然可以工作如下：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell仅在新行上拆分，而不是空格，然后将环境返回到之前的状态。 在这一点上，你可能想考虑把它全部放到一个shell脚本中，而不是把它全部压缩成一行。

祝你好运！

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

cat peptides.txt | while read line
do
   # do something with $line here
done